另外，非處方藥還容易掩蓋其他疾病或加重病情。比如，解熱鎮(zhèn)痛藥物使用不當，會掩蓋潛在的感染性疾病及其他病患。他們曾遇到多例因自服某胃藥而緩減了胃疼癥狀，但導致胃出血的病例。

同時，非處方藥使用不當還會引起嚴重的不良反應。如抗組胺藥會引起嗜睡；退熱藥和抗感冒藥可能給肝臟造成損害，嚴重者還可能致肝昏迷死亡，特別是3歲以下小兒肝腎功能不全，過量使用，后果十分嚴重。另外，部分非處方藥使用不當，容易導致身體或精神對它的依賴性。一些復方制劑含有特殊的精神藥品成分，長期服用、濫用，可能引起藥物成癮。