它所裝備的ATFLIR先進(jìn)前視紅外吊艙，該吊艙采用第三代的紅外凝視焦平面成像技術(shù)，可以提供導(dǎo)航、目標(biāo)指示功能，并配備有激光目標(biāo)指示器。海軍還在1999年開始為雙座型的F/A-18F開發(fā)共享偵察吊艙（SHARP），希望用裝備這種吊艙的F/A-18F來取代如今裝備TARPS的F-14飛機(jī)，使之具備戰(zhàn)術(shù)偵察能力。該系統(tǒng)使用光電和紅外傳感器，允許F/A-18F在斜向距離83KM的距離上搜集圖像并通過數(shù)據(jù)鏈傳輸給地面。該吊艙還可以接受APG73雷達(dá)的合成孔徑數(shù)據(jù)。使飛機(jī)可以在夜間超低空突防。座艙增加了1個(gè)觸摸顯示器和1個(gè)新的油料顯示器，并使用了超高速集成電路計(jì)算機(jī)；把座艙三個(gè)顯示器全部改為彩色液晶顯示器；加裝了夜間低空導(dǎo)航和紅外瞄準(zhǔn)系統(tǒng)；還可以攜帶多種戰(zhàn)術(shù)吊艙。兩個(gè)機(jī)艙機(jī)身掛點(diǎn)，用于攜帶傳感器艙，全天候、空對空雷達(dá)和一個(gè)控制系統(tǒng)，用于精確發(fā)射傳統(tǒng)或制導(dǎo)武器，一個(gè)中心線掛點(diǎn)，用于攜帶額外的燃料或空對地武器。其中包括雷神公司新研制的ATFLIR先進(jìn)前視紅外吊艙。

經(jīng)過改進(jìn)，F(xiàn)/A-18E/F的作戰(zhàn)能力有了較大的提高，機(jī)動(dòng)性基本保持不變，9000米以上的爬升和加速能力稍有下降。最大過載從9G降低到7G，會(huì)降低瞬間盤旋能力，在保持足夠的敏捷性配合上頭盔顯示器和大離軸發(fā)射的AIM9X導(dǎo)彈，可以保持近距空戰(zhàn)性能。

第1架E/F型機(jī)于1995年12月首飛。海軍計(jì)劃至少采購548架，但是2002年美國防部建議僅采購460架。